Eine überkonfessionell-gesamtdeutsch ausgerichtete christliche Parteigründung in Bayern, dabei das eher protestantische Franken und konservativ-katholische Altbayern gleichermaßen einschließend, welche Adam Stegerwald (1874-1945) und vor allem Josef Müller (1898-1979) zunächst einmal bis zur Jahreswende 1945/46 durchzusetzen vermochten, traf unmittelbar nach dem Zweiten Weltkrieg noch auf sehr viel Unbehagen in streng katholischen, treumonarchistischen und auch stark föderalistischen Kreisen vor allem Oberbayerns, die mehr den Wunsch nach einem eigenen bayerischen Staat hegten, als diesen in einem neuen wie auch immer aussehenden künftigen gesamtdeutschen Staatsgebilde aufgehen zu sehen. Für die letztgenannte Zielsetzung eines eigenen bayerischen Staates trat etwa die Bayernpartei ein, die sich ebenfalls bis 1948 bayernweit gründete, eine massive Konkurrenz zur CSU darstellte und bis in die fünfziger Jahre auch viele enttäuschte CSU-Politiker in ihren Reihen aufnahm. Daneben wirkte auch die Tradition der bis 1933 existierenden rein katholischen Bayerischen Volkspartei noch nach, die sich in der CSU nach 1945 zwar bewusst nicht wiederbegründete, deren ehemals führende Köpfe Fritz Schäffer (1888-1967), Alois Hundhammer (1900-1974) oder Anton Pfeiffer (1888-1957) aber lieber an die Tradition dieser 1933 aufgelösten Partei anknüpfen wollten. So stand Josef Müller als erster gesamtbayerischer CSU-Vorsitzender an der Spitze einer Partei, die all diese Flügelkämpfe noch weiter auszufechten hatte, die sich auch selbst noch finden musste in ihrer ganzen Organisation und Struktur. Es verwundert nicht, dass seine Amtszeit nur bis Mai 1949 währte, ehe er durch den amtierenden CSU-Ministerpräsidenten Hans Ehard (1887-1980), den man eher als die ersehnte integrative Figur an der Parteispitze ansah, abgelöst wurde.
Bevor am 1. Dezember 1946 die ersten bayerischen Landtagswahlen stattfanden, waren zunächst Fritz Schäffer und der Sozialdemokrat Wilhelm Hoegner (1887-1980) von der amerikanischen Militärregierung als Ministerpräsidenten eingesetzt worden. Die erste Landtagswahl hatte die CSU mit 52,3% mit absoluter Mehrheit gewonnen, sie bildete aber dennoch mit der SPD (28,6%) Wilhelm Hoegners und der kurzlebigen Wirtschaftlichen Aufbau-Vereinigung (WAV, 1946: 7,4%) eine Koalition, um eine möglichst breite Wählerschaft hinter sich zu wissen. Ehard wurde am 21. Dezember 1946 der erste frei gewählte Ministerpräsident Bayerns. Schon im September 1947 zerbrach die eigentlich nicht benötigte Koalition und die CSU regierte fortan allein. Ehard war auch der Initiator des Verfassungskonvents von Herrenchiemsee 1948, der die Gestaltung einer künftigen Verfassung für einen nunmehr aus den drei westlichen Besatzungszonen bestehenden künftigen deutschen Staat in den Blick nahm. Er versuchte dort für Bayern stärkere föderale Elemente in der künftigen Verfassung zu verankern, dennoch lehnte das CSU-geführte Bayern im Mai 1949 das neue Grundgesetz für die Bundesrepublik Deutschland ab. Nur unter Androhung seines Rücktritts konnte er die CSU dazu bringen, wenigstens zu akzeptieren, dass das neue Grundgesetz in Bayern Geltung hat.
In dieser Phase übernahm Ehard 1949 von Müller den CSU-Parteivorsitz. Die Bayernpartei entwickelte sich immer stärker und die zweiten Landtagswahlen am 26. November 1950 brachten dann für die CSU ein katastrophales Ergebnis, ihr bis heute schlechtestes. Die CSU erhielt 27,4% der Wählerstimmen nach 52,3% bei der Wahl 1946 (minus 24,9%). Nur durch Überhangmandate rettete sich die CSU mit 64 Sitzen vor der knapp stärkeren SPD mit 28,0% und 63 Mandaten. Ihre fehlenden Prozentpunkte konnte die CSU u.a. leicht bei der klar auf die bayerische Eigenständigkeit pochende Bayernpartei suchen, die nunmehr auf 17,9% kam. Für die Legislaturperiode bis 1954 kam es so zu einer neuen Koalition mit der SPD unter Ehard und einer deutlich geschwächten CSU.
Ehard versuchte, zumindest in seiner sechsjährigen Amtszeit als CSU-Vorsitzender bis 1955, die unterschiedlichen Flügel der Partei mit ihren oft in persönlicher Abneigung verbundenen Protagonisten zu befrieden. Dies war aber allein schon so kräftezehrend, dass eine umfassende Parteiarbeit eher ausblieb. Ehard zeigte an der Parteiorganisation auch wenig Interesse. In der unmittelbaren Nachkriegsphase gab noch die Generation der Honoratioren den Ton an, die sich, vielleicht auch alters- und generationsbedingt, nicht mehr mit dem Aufbau dringend notwendiger Parteineustrukturierung befassen wollte. Sinkende Mitgliederzahlen, schlecht organisierte Wahlkämpfe und desolate Parteifinanzen zeugten davon. Da half es auch nichts, dass mit Ehard an der Spitze die CSU bei der Landtagswahl am 28. November 1954 mit deutlichen Gewinnen und 38,0% wieder spürbar zulegte. SPD, Bayernpartei, BHE und FDP bildeten nun eine Viererkoalition gegen die CSU, die in die Opposition gehen musste. Noch einmal wurde Wilhelm Hoegner von der SPD – und dieses Mal aus der Mitte des Parlaments gewählt – bayerischer Ministerpräsident und löste am 14. Dezember 1954 Hans Ehard ab, der Präsident des Bayerischen Landtags wurde.
Das Intermezzo dieser aus so heterogenen Parteien gebildeten Koalition währte immerhin drei Jahre und diente der CSU zu der dringend notwendigen Erneuerung bzw. dem fast verspäteten organisatorischen Parteiaufbau. Dafür stand ein Generationswechsel an der Parteispitze mit dem neuen Vorsitzenden Hanns Seidel (1901-1961) und an seiner Seite sein Stellvertreter Rudolf Eberhard (1914-1998) sowie der neue Generalsekretär Friedrich Zimmermann (1925-2012), die gleichzeitig ins Amt kamen und einen tiefgreifenden Reformprozess in der Partei einleiteten. Es folgte ein Umbau der CSU zu einer „Massen- und Apparat-Partei modernen Typs“ (Alf Mintzel), deren tief gestaffelte institutionell-organisatorische Durchdringung von Politik und Gesellschaft in Bayern den dauerhaften Erfolg der CSU erst ermöglichte.
Die Viererkoalition zerbrach 1957 an der Spielbankenaffäre, die dann die CSU in die Lage versetzte, die Wähler der Bayernpartei allmählich zurückzugewinnen. Mit der FDP und dem BHE der Heimatvertriebenen bildete Hanns Seidel nun eine neue Landesregierung und wurde nach Hoegners Rücktritt am 16. Oktober 1957 zum neuen bayerischen Ministerpräsidenten gewählt.
Oliver Braun, Konservative Existenz in der Moderne. Das politische Weltbild Alois Hundhammers (1900-1974) (Untersuchungen und Quellen zur Zeitgeschichte 7) München 2006.
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Karl-Ulrich Gelberg, Hans Ehard. Die föderalistische Politik des bayerischen Ministerpräsidenten 1946-1954 (Forschungen und Quellen zur Zeitgeschichte 18) Düsseldorf 1992.
Friedrich Hermann Hettler, Josef Müller – Mann des Widerstandes und erster CSU-Vorsitzender (Miscellanea Bavarica Monacensia 155) München 1991.
Alf Mintzel, Die CSU. Anatomie einer konservativen Partei 1945-1972, Opladen 2. Aufl. 1978.
Ders., Geschichte der CSU. Ein Überblick, Opladen 1977.
Heinrich Oberreuter, Christlich-Soziale Union (CSU), II. Politische Positionen, Version 22.10.2019, 17:30 Uhr, in: Staatslexikon8 online, URL: https://www.staatslexikon-online.de/Lexikon/Christlich-Soziale_Union_(CSU) (abgerufen: 01.01.2020).