Nach dem Beschluss des Parteitags, den Arbeitskreis Energiewende zu gründen, setzte der Parteivorstand am 7. November 2011 Siegfried Balleis als Kommissarischen Landesvorsitzenden des AKE ein und billigte die Geschäftsordnung. Am 10. Dezember 2011 fand dann die Gründungsveranstaltung in München statt, die auch den Landesvorstand wählte:
Am 28. Januar 2012 fand die erste Landesvorstandssitzung in Erlangen statt, bei der sich der Landesvorstand des AKE konstituierte und mit der inhaltlichen Jahresplanung begann. Umgehend nahm man den organisatorischen Auf- und Ausbau des AKE auf. Es wurde sogleich ein Flyer entwickelt, um neue Mitglieder für den AKE zu gewinnen und über seine Ziele und Absichten zu informieren. Der Aufbau einer Regionalstruktur in den Bezirks- und Kreisverbänden wurde eingeleitet, eine enge Zusammenarbeit mit dem Arbeitskreis Umwelt (AKU) der CSU gesucht.
Innerhalb eines halben Jahres konnte der AKE neun Bezirksverbände aufbauen. Lediglich in Unterfranken kam es zu keiner Gründung. Dort bekräftigte der Bezirksvorstand der CSU die Dringlichkeit des Themas Energiewende, wollte aber mit einem neuen AKE keine weiteren organisatorischen Strukturen schaffen, sondern die Energiepolitik weiterhin im bereits damit befassten Arbeitskreis Umweltsicherung und Landesplanung (AKU) bearbeiten.
Den Aufbau der Kreisverbände nahm der AKE von Anfang an auf die Agenda. So berichtete der schwäbische AKE-Bezirksvorsitzende Thomas Eigstler am 27.4.2015, dass die "Gründung von AKE-Kreisverbänden auf der Ebene der CSU-Kreisverbände von Anfang an eine Zielsetzung der Bezirksvorstandschaft in Schwaben" gewesen sei und man bereits in der konstituierenden Sitzung darüber beraten und Beauftragte und Kontaktpersonen für die schwäbischen Kreisverbände benannt habe. Aber bis 2015 konnten mit dem Kreisverband Energiewende und Umwelt Unterallgäu (Gründung am 11. April 2013) und dem AKE-Kreisverband Kempten-Lindau-Oberallgäu (Gründung am 26. März 2015) erst zwei Kreisverbänden in Schwaben gebildet werden. Auch in den anderen Bezirksverbänden gestaltete sich die Gründung von Kreisverbänden schwierig.
Die inhaltliche Arbeit des AKE begann schon auf der ersten, konstituierenden Sitzung des Landesvorstandes am 28. Januar 2012 in Erlangen, bei der das Thema Wasserstoff und die gefahrlose Bindung des Wasserstoffs an eine organische Substanz (LOHC) im Mittelpunkt stand. In den folgenden Sitzungen befasste man sich mit Anlagen zur regenerativen Ernergieerzeugung, den Ausbau und die Förderung der Erneuerbaren Energien, hörte Verbände an, tauschte sich in einer gemeinsamen Sitzung mit dem Wirtschaftsbeirat der Union (WBU) zur Wirtschaftlichkeit der Energiewende und der Strompreisentwicklung aus und lud dazu renommierte Experten aus der Naturwissenschaft ein. Von Anfang an konzentrierte sich der Landesverband auf einen engen Austausch mit der Wissenschaft und sah seine Haupttätigkeit in der Erarbeitung von Positionspapieren. In Leitanträgen auf den Parteitagen, aber auch im Bayernkurier propagierte der AKE über die Darstellung von neuen Energieverfahrenstechniken wie z.B. der "Power-to-Gas"-Technologie 2013 oder die Wasserstofftechnologie 2019 sein Anliegen der Energie- und Mobilitätswende breiten CSU-Kreisen und der Öffentlichkeit. Gegen die von Ministerpräsident Horst Seehofer durchgesetzte 10h-Abstandsregel für Windkraftanlagen protestierte der AKE jedoch vergeblich.
Der Krieg in der Ukraine mit seinen Folgen für die gesamte globale Energieversorgung und -architektur führte drastisch die verschleppte Energiewende vor Augen und bestärkte den AKE, seine Arbeit zu intensivieren und seine politischen Forderungen nach einem "resilienten, nachhaltigen und bezahlbaren Energiesystem, das auf erneuerbaren Energien basiert und durch intelligente Sektorkopplung in den Bereichen Strom, Wärme und Mobilität Synergien schafft", wie es der AKE in seinem Positionspapier vom 25. Juni 2022 formulierte, zu verstärken.
Die Gründungsversammlung am 10. Dezember 2011 startete mit 90 stimmberechtigten Mitgliedern. Im April 2015 hatte der AKE 624 Mitglieder, bis 2022 stieg die Zahl auf 755 Mitglieder an.
