Im Grundsatzprogramm der Schüler Union Bayern aus dem Jahr 1974 bekennen sich die Mitglieder zur Demokratie und distanzieren sich von jeglicher Ideologie. Die einstige Protestorganisation verstand und versteht sich bis heute in erster Linie als Interessenvertretung christlich-sozialer und liberal-konservativer Schüler. Ziel ist vorrangig, mit konstruktiver Kritik für Verbesserungen im Schulsystem einzutreten. Politisches und kritisches Denken von Schülern soll angeregt, aber nicht für eine bestimmte politische Richtung vereinnahmt werden. Politik und Schulbehörden werden aufgefordert, Bildungsinhalte und Lehrmethoden regelmäßig an der Entwicklung und den Anforderungen von Technik, Gesellschaft und Arbeitswelt zu überprüfen. Schule solle und könne fordern, müsse aber auch ihre Schüler individuell fördern. Initiativen, Aktionen und Veranstaltungen werden von der Schüler Union Bayern bis heute genutzt, um auf Probleme von Schülern aufmerksam zu machen und das Gemeinschaftsgefühl unter den Schülern zu stärken.
In der Organisationsstruktur der CSU gehörte die Schüler Union in Bayern bis 2016 als Sonderorganisation zur Arbeitsgemeinschaft der Jungen Union. Seit 2016 ist sie ein eingetragener, parteipolitisch unabhängiger und rechtlich selbstständiger Verein. Außerdem wurden - um den Stellenwert der beruflichen Ausbildung zu unterstreichen - die Azubis in den Namen mit aufgenommen. Seitdem formiert der Verband als „Auszubildenden & Schüler Union in Bayern e.V.“. Mit der Neuausrichtung war auch eine große organisatorische Umstrukturierung verbunden. Die SU Bayern e.V. verwaltet seitdem alle ihre Mitglieder selbst, verfügt über eigene Konten und gab sich ein neues Corporate Identity. Obwohl der Verband 2016 bei null Mitgliedern starten musste, ist die SU Bayern e.V. inzwischen wieder die mitgliederstärkste Schülerorganisation im Freistaat.
