Am 19. August 1949, fünf Tage nach ihrer Wahl, versammelten sich die neugewählten Bundestagsabgeordneten der CSU im Fraktionszimmer der CSU-Landtagsfraktion in München, um sich zu organisieren und das weitere Vorgehen abzustimmen.
Nachdem Fritz Schäffer die wichtige Frage gestellt hatte, ob die CSU eine eigene Fraktion oder mit der CDU eine Fraktionsgemeinschaft bilden sollte, war es Franz Josef Strauß, der einen Vorschlag formulierte, auf den sich alle Abgeordneten einigen konnten.
„Für Bonn müssen wir nun einen geschickten Mittelweg finden, etwa die Bildung einer „bayerischen Gruppe“. Diese Gruppe soll ihre Meinung für sich separat bilden, an den großen Fraktionssitzungen der CDU aber teilnehmen und für sich selbst einen oder mehrere Sprecher wählen; also: Separate Meinungsbildung, Ausdruck dieser Meinung durch Sprecher, die gewählt werden einerseits, andererseits eine gemeinsame Fraktion mit der CDU.“
Dass die Bayernpartei bei der Bundestagswahl nur 7,3% Stimmen Rückstand auf die CSU hatte, wurde als klares Signal gewertet, bayerisches Profil als CSU-Landesgruppe in Bonn zu zeigen. Für die Bildung einer Fraktionsgemeinschaft sprachen die gemeinsamen christlichen Grundsätze von CDU und CSU, die guten Erfahrungen bei der fraktionellen Zusammenarbeit im Wirtschaftsrat ebenso wie die Aussicht, die stärkste Fraktion im neuen Bundestag zu bilden.
Die CSU im Bundestag ist als Zusammenschluss der Abgeordneten der CSU im Deutschen Bundestag institutionelle Basis und Kraftzentrum des bundespolitischen Gestaltungsanspruchs, der sich zu keiner Zeit ausschließlich auf die Durchsetzung bayerischer Interessen im Bund bezog, sondern immer Politik für ganz Deutschland bedeutete. Von Anfang an haben daher Mitglieder der CSU im Bundestag in unionsgeführten Bundeskabinetten Regierungsverantwortung übernommen.
