„Auch die Union, die eines Tages für Deutschland entstehen wird, die jetzt zunächst durch eine Arbeitsgemeinschaft repräsentiert ist, wird auf föderalistischer Basis aufgebaut sein als eine Zusammenfassung von gleichberechtigten Unionen… Wir werden in Bayern die Christlich-Soziale Union sein genauso wie die anderen sich Christlich-Demokratische Union nennen.“
Josef Müller auf der CSU-Landesausschusssitzung vom 6. September 1946.
Bestrebungen die Kontakte zwischen den Unionsparteien in den Zonen bzw. den Landesverbänden zu intensivieren und Schritte für die Gründung einer Gesamtpartei (Reichsunion) einzuleiten, gab es bereits mit der Schaffung des „Zonenverbindungausschusses“ im Dezember 1945, also nur wenige Monate nach der Gründung der CSU im September 1945. Verhandlungsführer für die CSU war deren Parteivorsitzender Josef Müller. Er konnte sich eine gesamtdeutsche Union als Fernziel durchaus vorstellen, fand dafür in den eigenen Reihen allerdings keine Mehrheit. Insbesondere ehemalige Mitglieder der Bayerischen Volkspartei und der Vertreter des „Bauernflügels" der CSU, die eine bayerische Eigenstaatlichkeit bewahren und eher noch ausbauen wollten, lehnten entsprechende Pläne entschieden ab.
Bei einem Treffen der Landesvorsitzenden der Unionsparteien am 28./29. August 1946 in Königstein konzipierten die Teilnehmer Pläne für eine „Arbeitsgemeinschaft der CDU/CSU-Deutschlands“ als interzonale organisatorische Klammer. Diese Pläne wurden dann auf dem 2. Königsteiner Treffen am 5./6. Februar 1947 verwirklicht. Für die CSU wurde Josef Müller in den neunköpfigen Vorstand der Arbeitsgemeinschaft gewählt, der bis 1950 amtierte. Bei den Tagungen wurden aktuelle Probleme wie Entnazifizierung, Versorgungslage, Verfassungsfragen, gesamtdeutsche Repräsentation, außenpolitische Lage, Kontakte zu christlichen Parteien im Ausland und Organisationsfragen beraten. Das Sekretariat in Frankfurt am Main wurde von Generalsekretär Bruno Dörpinghaus geleitet.
Frei von Spannungen war die Zusammenarbeit nicht. Ende 1947 kam es zum Abbruch der Zusammenarbeit mit der CDU der Sowjetischen Besatzungszone (Ost-CDU). Am 21. September 1948 verabschiedeten die verbliebenen Verbände der Westzone und die CSU ein Statut für die Arbeitsgemeinschaft, das aber nie ratifiziert wurde. Vor allem die CSU hatte Bedenken gegenüber einer zentralen Organisation, beharrte sie doch bei allen Überlegungen und der Bereitschaft zu enger Zusammenarbeit auf ihrer Selbständigkeit. Die „Arbeitsgemeinschaft der CDU/CSU“ endete schließlich mit der Gründung der Gesamtpartei CDU – (ohne CSU) auf dem ersten Parteitag am 20./21. Oktober 1950 in Goslar und der endgültigen Wahl von Konrad Adenauer zum CDU-Vorsitzenden.
