Für die CSU bedeutete die Aufhebung der Lizenzpflicht am 4. Mai 1949 zunächst keine Änderung der Verhältnisse. Die Herausgabe einer Parteizeitung wurde nämlich sowohl durch die mit der Währungsreform verbundenen Umstände wie auch durch die in der Gründungsphase der Partei ausgebrochenen Flügelkämpfe unmöglich gemacht. Nachdem die Wahl Hans Ehards zum Landesvorsitzenden am 28. Mai des gleichen Jahres die parteiinternen Auseinandersetzungen entschärft hatte, konnte auch die Herausgabe eines bayernweiten Parteiorgans in Angriff genommen werden.
Als am 3. Juni 1950 die neue Parteizeitung erschien, nahm ihr Titel "Bayernkurier" bewusst Bezug auf den "Bayerischen Kurier", der in der Weimarer Republik der Bayerischen Volkspartei als zentrales Parteiorgan gedient hatte. Herausgeber war neben Lorenz Sedlmayr der damalige Generalsekretär und Bundestagsabgeordnete Franz Josef Strauß, der zugleich auch als Chefredakteur fungierte. Nachdem zwischen 1957 und 1961 Hanns Seidel als weiterer Herausgeber hinzugekommen war, übernahm Franz Josef Strauß 1964 die alleinige editorische Verantwortung. In dieser Funktion unterstrich er immer wieder die Bedeutung, die einer solchen Zeitung im Rahmen der Parteiorganisation zukam.
Auch nach seinem Tod 1988 blieb diese Verantwortung in Würdigung seiner Verdienste um das Parteiorgan nominell bestehen. Auch unter den nachfolgenden Parteivorsitzenden, die als Herausgeber verantwortlich zeichneten, wurde Franz Josef Strauß mit der Bezeichnung Gründungsherausgeber bis zuletzt im Impressum der Zeitung erwähnt.
Mit dem Tod von Franz Josef Strauß verlor der Bayernkurier allerdings seinen wichtigsten Protagonisten, der der Parteizeitung durch seine Beiträge, seine exponierte politische Stellung und seine polarisierende Wahrnehmung in der Öffentlichkeit stets Aufmerksamkeit und Auflagen sicherte. Verstärkt wurde der damit einhergehende allmähliche Bedeutungsverlust des Bayernkuriers von einem sich v.a. ab den 2000er Jahren ändernden Nutzerverhalten der Leser und einer zunehmenden Entwicklung hin zu digitalen Formaten. Ab Juni 2015 erschien der bisher als Wochenzeitung konzipierte Bayernkurier als Monatsmagazin. Flankiert wurde er zudem durch ein erweitertes Online-Angebot und eine Bayernkurier-App. Mit der Ausgabe vom November 2019 verabschiedete sich die CSU aber auch von diesem Format und stellte den Bayernkurier nach insgesamt fast 70 Jahren ein. Von nun an konzentrierte sich die Partei in ihrer Kommunikation verstärkt auf digitale Kanäle und soziale Medien.
