Am 28. September 1945 teilte Josef Müller den bereits wieder gegründeten sozialistischen und kommunistischen Parteien mit, dass sich die „Bayerische Christlich-Soziale Union“ gegründet habe. Dem vorausgegangen war ein ereignisreicher und nicht immer konfliktloser September 1945. Die Ereignisse lassen sich zum Teil nur bruchstückhaft rekonstruieren, da Unterlagen nur sporadisch überliefert sind und man auf später zu Papier gebrachte Erinnerungen der Protagonisten zurückgreifen muss. Mit der Ankündigung der amerikanischen Militärregierung vom August 1945, demnächst wieder politische Vereinigungen und Parteien zuzulassen, war die Grundlage für eine Wiederbelebung des politischen Lebens gelegt. In der NS-Zeit verbotene Parteien konnten sich neu aufstellen, ebenso war der Weg frei für Neugründungen.
Erste Ansätze zur Gründung einer neuen christlichen Partei hatte es bereits bayernweit ab dem Sommer 1945 gegeben. Neben München waren auch Würzburg, Passau, Bamberg und Regensburg Zentren solcher Neugründungen. Was alle einte, war der Unionsgedanke. Im Gegensatz zur BVP, die konfessionell stark einseitig ausgerichtet war, stand bei den Neugründungen der Unionsparteien der interkonfessionelle Gedanke im Vordergrund. Katholiken und Protestanten sollten gemeinsam die in der Zeit des Nationalsozialismus missachteten christlichen Wertvorstellungen wiederbeleben. Daher wurde der Zusatz „christlich“ in den Namensgebungen der Neugründungen zu einem zentralen Element Der Name war auch Programm. So gab es in Bad Wörishofen die „Christlich-Demokratische Union“ und in Günzburg die „Christlich-Soziale Unionspartei“, um nur zwei Beispiele aus Schwaben zu nennen. Den Gedanken an eine konfessionsübergreifende Partei auf einer an christlichen Werten orientierten Basis sollte auch die Verwendung der Bezeichnung „Union“ vermitteln. Bezeichnungen wie Bewegung und Partei schienen vielen Zeitgenossen zu negativ behaftet, um für einen Neuanfang verwendet werden zu können. Josef Müller begründete die Wahl des Begriffs „Union“ für seine Parteigründung mit der Absicht dadurch explizit die Protestanten ansprechen zu wollen.
„Ich bat meinen Gast zu überlegen, ob nicht gerade den evangelischen Christen von der Politik, vor allem in Bayern, fester gefügten katholischen Gruppe der Beweis paritätischer Gesinnung am besten dadurch zu erbringen sei, daß wir in Erinnerung an vergangene Zeiten den bei evangelischen Christen im Gedächtnis verbliebenen Namen „Union“ präsentieren.“(Josef Müller, Bis zur letzten Konsequenz. Ein Leben für Frieden und Freiheit, München 1975, S. 308f.)
Im Münchner Rathaus trafen sich am 12. September zwanzig Vertreter der sogenannten „Münchner Gruppe“, unter ihnen Josef Müller – auch als „Ochsensepp“ bekannt. Neben dem Bekenntnis zu einer interkonfessionell-christlichen Fundierung der neuen Partei wurde auch der Name “Bayerische Christlich-Soziale Union“ angenommen. Was zur Parteigründung noch fehlte, waren ein Programm, eine Satzung und eine wenigstens rudimentäre Organisation. Der „Ausschuß zur Vorbereitung der Gründung einer Christlichen-Sozialen Union“ kam am 17. September 1945 erstmalig zusammen. Am 19. September 1945 wurden durch die „Proklamation Nr. 2“ der amerikanischen Militärregierung Bayern, Groß-Hessen und Württemberg-Baden als „Staaten“ gebildet. Nur einen Tag später am 20. September 1945 wurden Parteien und politische Vereinigungen auf Kreis- und Ortsebene zugelassen. In den folgenden Tagen und Wochen wurde heftig um die Ausrichtung und den Namen der Partei gerungen. Laut den Erinnerungen von Josef Müller muss es im September 1945 zu der Entscheidung zwischen ihm und Adam Stegerwald gekommen sein, dass die neue Partei "Christlich Soziale Union" heißen soll. Am 28. September 1945 konnte Josef Müller die Vertreter der anderen politischen Parteien über die Gründung der „Bayerische Christlich-Soziale Union“ unterrichten. Die Grundsätze und Vorhaben der Partei wurden in einem Flugblatt der Öffentlichkeit mitgeteilt. Bereits am 11. September 1945 ging bei der Militärregierung ein Antrag auf Zulassung der "Christian Social Union" ein. Gestellt wurde er von der "Würzburger Gruppe" um Adam Stegerwald.
Am 13. Oktober 1945 wurde die CSU Würzburg-Stadt und -Land gegründet. Adam Stegerwald trug an diesem Tag vor über einhundert Versammelten im Würzburger Elisabethenheim seine Grundsätze zum Programm der neugegründeten Partei vor. Geplant war die Parteigründung schon für den 15. September 1945, kam aber aufgrund der fehlenden Genehmigung der Militärregierung nicht zustande. Bereits im August 1945 hatte Adam Stegerwald mit seinem Vortrag „Wo stehen wir?“ die aktuelle politische Lage und die daraus resultierenden Konsequenzen für das politische Leben formuliert. Im Oktober 1945 knüpfte er mit seinem Grundsatzreferat „Wohin gehen wir?“ daran an. In seinen Ausführungen u.a. zum Beamtentum, zu Fragen der Wirtschaft und zur Aufarbeitung des Nationalsozialismus betonte er stets die Wichtigkeit der christlichen Wertevorstellung als Fundament politischen Handelns.
In München wurde im November 1945 die Initiative ergriffen, die CSU landesweit zu organisieren. Der Antrag vom 25.November 1945 an die amerikanischen Militärverwaltung zur Lizensierung der ChristlichSozialen Union in München war ein erster Schritt auf diesem Weg. Ein Vorbereitender Ausschuss der CSU in München verbreitete die Nachricht vom Einverständnis der Militärverwaltung zur Gründung einer Landespartei noch am gleichen Tag. Gleichgesinnte in ganz Bayern sollten angesprochen werden, der sich bildenden Landespartei anzuschließen.
Der „Vorbereitende Ausschuss“ der CSU berief am 8. Januar 1946 eine Tagung des „Vorläufigen Landesausschusses der Union“ als erste landesweite Sitzung der CSU ins Münchner Rathaus ein, die Gründungsversammlung der CSU auf Landesebene. Es nahmen fünf Delegierte aus jedem bayerischen Regierungsbezirk daran teil. Sie bestätigten die vorläufige Satzung und setzten Landes- und Parteiausschüsse ein. Auf diesem Wege konnten die zahlreichen lokalen Gründungen unter einem Dach zusammengefasst werden.
Zwei Tage zuvor hatte eine Großkundgebung der Münchner CSU im Kongresssaal des Deutschen Museums stattgefunden. Der Hausherr Walther von Miller und der Münchner Oberbürgermeister und Karl Scharnagl sowie weitere CSU-Vertreter erläuterten den Teilnehmern die politische Programmatik der neuen Partei.
