Für die CSU bedeutete die Aufhebung der Lizenzpflicht am 4. Mai 1949 zunächst keine Änderung der Verhältnisse. Die Herausgabe einer Parteizeitung wurde nämlich sowohl durch die mit der Währungsreform verbundenen Umstände wie auch durch die in der Gründungsphase der Partei ausgebrochenen Flügelkämpfe unmöglich gemacht. Nachdem die Wahl Hans Ehards zum Landesvorsitzenden am 28. Mai des gleichen Jahres die parteiinternen Auseinandersetzungen entschärft hatte, konnte auch die Herausgabe eines bayernweiten Parteiorgans in Angriff genommen werden.
Als am 3. Juni 1950 die neue Parteizeitung erschien, nahm ihr Titel "Bayernkurier" bewusst Bezug auf den "Bayerischen Kurier", der in der Weimarer Republik der Bayerischen Volkspartei als zentrales Parteiorgan gedient hatte. Herausgeber war neben Lorenz Sedlmayr der damalige Generalsekretär und Bundestagsabgeordnete Franz Josef Strauß, der zugleich auch als Chefredakteur fungierte. Nachdem zwischen 1957 und 1961 Hanns Seidel als weiterer Herausgeber hinzugekommen war, übernahm Franz Josef Strauß 1964 die alleinige editorische Verantwortung. In dieser Funktion unterstrich er immer wieder die Bedeutung, die einer solchen Zeitung im Rahmen der Parteiorganisation zukam.
Auch nach seinem Tod 1988 blieb diese Verantwortung in Würdigung seiner Verdienste um das Parteiorgan nominell bestehen. Auch unter den nachfolgenden Parteivorsitzenden, die als Herausgeber verantwortlich zeichnen, wurde Franz Josef Strauß mit der Bezeichnung Gründungsherausgeber bis zuletzt im Impressum der Zeitung erwähnt.
Ab Mitte des Jahres 2015 erschien der Bayernkurier nicht mehr in Form einer Tageszeitung sondern monatlich als Magazin. Im Herbst 2019 wurde der Bayernkurier nach fast 70 Jahren eingestellt. Die letzte Ausgabe Nr. 12 erschien im November 2019.
